В 1777 году главнокомандующий Азовской флотилией и Таганрогским портом контр-адмирал Федор Алексеевич Клокачев обратился с ходатайством к архиепископу Славенскому Евгению о разрешении постройки храма во имя Святителя Николая в так называемых морских кварталах г. Таганрога. По получении разрешения началась постройка, которая продвигалась быстро, так как материал и рабочие были казенными. В 1778 году церковь была освящена; храм оказался по тем временам величественным и благообразным. Его фундамент был каменным, а стены – деревянными. Вскоре после окончания строительства храм был определен как соборный до постройки Успенского собора.